Effectivement, il se peut que Pluton ait été un satellite de Neptune, c'est beaucoup moins probable pour Uranus mais le plan de l'orbite de Pluton fait tout de même très franchement pencher la balance pour un objet de Kuiper, tout simplement.
En fait, ce qui permettrait de trancher ou au moins d'avoir quelques indices de réponses, c'est la mission New Horizon et les analyses qui vont être faites. En effet, pour savoir où s'est formé un objet, il faut connaître sa composition car les objets formés aux "premières heures" du système solaire, sont constitués des éléments présents dans le milieu de leur formation et les éléments sont différents en fonction de leur distance au Soleil.
Donc, en connaissant mieux la composition de Pluton, on pourra en déduire son lieu de formation et donc savoir s'il s'agit d'un satellite éjecté de l'une des grandes géantes de glace, soit d'un objet de la ceinture de Kuiper.